生理情況下，雖有少量內毒素不斷向腸外移位，經門靜脈進人肝內，但并不引起內毒素血癥；在輕度革蘭陰性桿菌感染時，雖然細菌不斷向組織或血液中釋放內毒素，但并不引起強烈的炎癥反應，以上情況均有賴于機體內存在有效的內毒素清除與解毒機制。肝臟是清除內毒素的主要器官﹐脾﹑腸也是清除內毒素的重要器官；機體內的脂蛋白、陽離子抗菌肽（cationic antimicrobial peptides，CAP）、酰氧酰基水解酶（acyloxyacyl hydro-lase，AOAH）以及抗內毒素抗體是重要的內毒素解毒物質。

肝臟對血液中的內毒素的清除功能，主要是通過庫普弗細胞、肝細胞對內毒素的內吞作用而實現的，但具體代謝過程并不完-全清楚。

介導庫普弗細胞吞噬內毒素的可能是清道夫受體，也可能是分子量11.9萬和8.3萬的蛋白質；介導肝細胞吞噬內毒素的結構可能是其凝集素樣受體。內毒素與肝細胞血竇面細胞膜上的受體1：1結合后，被肝細胞以內吞的方式攝入細胞內，以微管依賴的囊泡運輸方式，穿過肝細胞，運至肝細胞膽小管面，以胞吐方式排入膽小管中，再經膽道系統排至腸腔內。